El Papa Juan Pablo II expresó en varias ocasiones durante su pontificado el deseo de que se preservara el Rito hispano-mozárabe como valiosa realidad eclesial y espiritual. El propio Papa presidía la Misa en este Rito el 28 de mayo de 1992 (día de la Ascensión) en la Basílica de San Pedro de Roma, S. S. Juan Pablo II y afirmaba en aquella ocasión que:

«La liturgia hispano-mozárabe representa, pues, una realidad eclesial, y también cultural, que no puede ser relegada al olvido si se quieren comprender en profundidad las raíces del espíritu cristiano del pueblo español»

Y, añadía: «Esta liturgia ayudará a revivir rasgos importantes de la espiritualidad cristiana de vuestros antepasados, espiritualidad que indudablemente ha contribuido a forjar la idiosincrasia del pueblo español en su evolución religiosa, cultural, social y política»

En diciembre de 2000, en su discurso a los peregrinos jubilares de la Archidiócesis de Toledo y de otras diócesis de España el Papa dijo, entre otras cosas, lo siguiente:

«Con gran gozo os doy la bienvenida, venidos a Roma para participar en la solemne celebración eucarística en rito hispano-mozárabe en la basílica de San Pedro.

La celebración según vuestro antiguo y venerable Rito hispano-mozárabe se une en este Año santo a la serie de celebraciones jubilares tenidas en Roma en los diversos ritos y tradiciones litúrgicas de la Iglesia, tanto del Oriente como del Occidente. Con ellas se ha puesto claramente de relieve la unidad de la fe católica en la diversidad legítima de sus múltiples expresiones históricas y geográficas.

¡Amados hijos de Toledo y de España, no temáis ante los grandes retos del presente! Avanzad confiados por el camino de la nueva evangelización, el servicio caritativo a los pobres y el testimonio cristiano en cada realidad social. Caminad con alegría, lleváis con vosotros una rica y noble tradición cristiana.

Muchos santos y santas han hecho de vuestros pueblos y ciudades una tierra de santidad.
Seguid su ejemplo, recorred el sendero de la santidad. Sed apóstoles de nuestro tiempo, confiando siempre en la ayuda de Dios.
Os acompañe y sostenga la Virgen María , Con cuánto fervor vuestra liturgia hispano-mozárabe alaba su perpetua virginidad!:
De su pudoroso seno virginal salió Jesús como un rayo de luz purísima (…) ¡Oh inefable acción de Dios!

A ella encomiendo vuestras familias, vuestros niños y jóvenes, vuestros enfermos y ancianos, e invocando la protección del santo arzobispo Ildefonso de Toledo, os bendigo de corazón.»